LinuxではCtrlキーを多用する 私は普段の仕事ではLinuxを使用しています。勿論Windowsも使用しますがTera Termなどの端末エミュレータばかり使うので、結局Linuxを使用しているのと本質的には変わ…
Category: プログラミング関連, 雑記月: 2019年5月
LigandScoutでdual inhibitorのスクリーニング
今回は、LigandScoutを使ったdual inhibitorのスクリーニングに関する以下の文献を紹介したいと思います。また、実際に文献の一部をトレースしたいと思います。ただしLigandScoutのバージョンの違い…
Category: LigandScoutin silico 創薬のためのC/C++プログラミング環境
Ligand Expoに対するファーマコフォア探索
今回は、PARP-1のファーマコフォアを使って、Ligand Expoに登録されている化合物データに対して探索を行ってみます。 Step 1: Ligand Expoから化合物データの取得 ここから以下の２つのファイルを…
Category: LigandScoutLigandScoutでバーチャルスクリーニング
今回は、LigandScoutを用いたファーマコフォアの構築とバーチャルスクリーニングを行ってみます。 例として、DUD-EからPARP1の阻害剤とそのデコイを取得してバーチャルスクリーニングを実施します。DUD-Eは、…
Category: LigandScout