CGBVSによる化合物スクリーニングソフトウェア「CzeekS」のマシンラーニングベース予測モデルが更新されました。主な更新内容は以下となります。
- データソースはChEMBL32とTIMBAL v.2 DBを利用しています
- 全モデルで標的タンパク数は1616個になりました
モデルの内容については以下のテーブルをご確認ください。モデルはStandard (STD)とHigh Activity (HA)の2種があり、活性値のPositiveとNegativeの基準は下記の通りです。
- STD：Positive <= 10uM, Negative >= 30uM
- HA：Positive <= 1uM, Negative >= 3uM
| モデル | Standard Activity (STD) | High Activity (HA) | 対象タンパク ファミリー （一部） |
||
| タンパク数 | 学習データ数 | タンパク数 | 学習データ数 | ||
| Cytochrome P450 | 39 | 43,093 | 29 | 14,559 | Cytochrome P450, Aromatase |
| Esterase | 172 | 107,991 | 146 | 47,690 | Phosphodiesterase, Phosphatase |
| GPCR | 262 | 189,735 | 258 | 187,523 | ClassAα, ClassAβ, ClassAδ, ClassAγ, ClassB, ClassC |
| Ion channel | 185 | 59,164 | 174 | 40,958 | Voltage-gated, Ligand-gated |
| Kinase | 503 | 200,975 | 492 | 216,707 | AGC, CAMK, CMGC, STE, TK, TKL |
| Nuclear receptor | 43 | 38,852 | 43 | 26,407 | NR1, NR2, NR3, NR4, NR5 |
| PPI | 53 | 43,315 | 50 | 23,777 | Integrins, Bcl2, MDM |
| Protease | 237 | 111,175 | 221 | 77,594 | Endopeptidase, Exopeptidase |
| Transporter | 122 | 44,774 | 102 | 20,998 | Electrochemical, ATPase, ATP-binding casette |
今回は、以下のタンパク質がStandardモデル（STD）の対象タンパクリストに追加されました。
| UniProt ID | Protein Name | Model Name |
| PLD3_HUMAN | 5'-3' exonuclease PLD3 | Esterase |
| GPR15_HUMAN | G-protein coupled receptor 15 | GPCR |
| GPR27_HUMAN | Probable G-protein coupled receptor 27 | GPCR |
| MRGX4_HUMAN | Mas-related G-protein coupled receptor member X4 | GPCR |
| MCLN1_HUMAN | Mucolipin-1 | Ion channel |
| MCLN2_HUMAN | Mucolipin-2 | Ion channel |
| ORAI2_HUMAN | Protein orai-2 | Ion channel |
| ORAI3_HUMAN | Protein orai-3 | Ion channel |
| PKD2_HUMAN | Polycystin-2 | Ion channel |
| AGK_HUMAN | Acylglycerol kinase, mitochondrial | Kinase |
| CHKB_HUMAN | Choline/ethanolamine kinase | Kinase |
| DGKH_HUMAN | Diacylglycerol kinase eta | Kinase |
| FA20C_HUMAN | Extracellular serine/threonine protein kinase FAM20C | Kinase |
| ITPK1_HUMAN | Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase | Kinase |
| KS6C1_HUMAN | Ribosomal protein S6 kinase delta-1 | Kinase |
| MAST2_HUMAN | Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase 2 | Kinase |
| STK19_HUMAN | Serine/threonine-protein kinase 19 | Kinase |
| NR2E1_HUMAN | Nuclear receptor subfamily 2 group E member 1 | Nuclear receptor |
| PARL_HUMAN | Presenilins-associated rhomboid-like protein, mitochondrial | Protease |
| UBP19_HUMAN | Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 19 | Protease |
| MDR3_HUMAN | Phosphatidylcholine translocator ABCB4 | Transporter |
| OCTN2_HUMAN | Organic cation/carnitine transporter 2 | Transporter |
計算可能タンパクリストはこちらのリンクからご確認できます。
Category: CGBVS/CzeekS