前回、Deep Quartetを用いて環状ペプチドの低分子化を行いました。 本稿では、籠型骨格を生成するDeepCubist(文献１)を用いて環状ペプチドの低分子化を行ってみたいと思います。 文献１：Umedera K,…
Category: AI創薬関連投稿者: 理論創薬研究所 吉森 篤史
Deep Quartetによる環状ペプチドの低分子化 (2)
前回、論文のファーマコフォアを参考に環状ペプチドの低分子化をDeep Quartet (DQ)を用いて行いました。 化合物Ａ(図1)は、DQより生成された化学構造の１つですが、環状ペプチドから得られたファーマコフォアをほ…
Category: Deep QuartetDeep Quartetによる環状ペプチドの低分子化
先日、環状ペプチドを低分子化するための”Peptide-to-Small Molecule”という手法が、国内の研究グループより発表されました。 Yoshida S, Uehara S, Kondo N, et al. …
Category: AI創薬関連, Deep QuartetLigandScoutでdual inhibitorのスクリーニング
今回は、LigandScoutを使ったdual inhibitorのスクリーニングに関する以下の文献を紹介したいと思います。また、実際に文献の一部をトレースしたいと思います。ただしLigandScoutのバージョンの違い…
Category: LigandScoutLigand Expoに対するファーマコフォア探索
今回は、PARP-1のファーマコフォアを使って、Ligand Expoに登録されている化合物データに対して探索を行ってみます。 Step 1: Ligand Expoから化合物データの取得 ここから以下の２つのファイルを…
Category: LigandScout