学生アルバイトKさんのLigandScout関連論文の紹介記事です．LigandScoutの活用事例としてご参考になれば幸いです． （以下，論文紹介記事） 本記事では、次の論文を、LigandScoutの利用を中心に紹…
Category: LigandScoutカテゴリー: LigandScout
ファーマコフォアによる核内受容体のアゴニスト・アンタゴニストの判別
学生アルバイトのKさんにLigandScoutの操作に慣れてもらうため，論文で説明されているLigand-based手法の再現をお願いしました．少し苦戦したようですが，以下そのレポートです．
Category: LigandScoutLigandScoutでdual inhibitorのスクリーニング
今回は、LigandScoutを使ったdual inhibitorのスクリーニングに関する以下の文献を紹介したいと思います。また、実際に文献の一部をトレースしたいと思います。ただしLigandScoutのバージョンの違い…
Category: LigandScoutLigand Expoに対するファーマコフォア探索
今回は、PARP-1のファーマコフォアを使って、Ligand Expoに登録されている化合物データに対して探索を行ってみます。 Step 1: Ligand Expoから化合物データの取得 ここから以下の２つのファイルを…
Category: LigandScoutLigandScoutでバーチャルスクリーニング
今回は、LigandScoutを用いたファーマコフォアの構築とバーチャルスクリーニングを行ってみます。 例として、DUD-EからPARP1の阻害剤とそのデコイを取得してバーチャルスクリーニングを実施します。DUD-Eは、…
Category: LigandScout