タンパク質ポケット内でリガンド構造のエネルギー極小化 Posted on 2022年1月24日2022年2月22日 by 株式会社インテージヘルスケア 金井 千里 今回の話題はタンパク質のポケット内にあるリガンドについてエネルギー極小化する方法についてです。特にタンパク質の構造を固定する場合についてどうすればよいか紹介したいと思います。あと、タンパク質とリガンドの力場エネルギー計算… Category: OpenBabel, プログラミング関連 Read more
分子の母核構造の重ね合わせ 後編 Posted on 2021年12月24日2022年2月22日 by 株式会社インテージヘルスケア 金井 千里 中編で紹介した分子の重ね合わせの計算方法を実際にC++プログラムを組んでみます。OpenBabelの機能や応用と言うよりかは線型代数の計算がメインなので、C++で行列を扱う方法についても言及したいと思います。 Category: OpenBabel, プログラミング関連 Read more
分子の母核構造の重ね合わせ 中編 Posted on 2021年12月17日2022年2月22日 by 株式会社インテージヘルスケア 金井 千里 前編から引き続いて分子の回転についてです。今回は分子を重ね合わせるための数式を導出したいと思います。 目的関数 四元数のイントロが終わってようやく本題に入ります。分子の3次元的な重ね合わせですが、動かす分子の座標ベクトル… Category: OpenBabel, プログラミング関連 Read more
分子の母核構造の重ね合わせ 前編 Posted on 2021年12月12日2022年2月22日 by 株式会社インテージヘルスケア 金井 千里 今回の話題は分子の回転についてプログラミングしてみます。話が長くなりそうなので、ブログを幾つかに分割して紹介します。 はじめに 前回は母核構造を固定してコンホメーションサーチをしてみました。色々なコンホメーションを発生さ… Category: OpenBabel, プログラミング関連 Read more
母核構造を固定してコンホメーションサーチ Posted on 2021年11月14日2022年2月22日 by 株式会社インテージヘルスケア 金井 千里 今回のブログもOpenBabelの分子力場の話題です。母核構造など、化合物分子の一部を固定してのコンホメーションサーチをやってみようと思います。 はじめに 前のブログではOpenBabelの分子力場のAPIを利用して低分… Category: OpenBabel, プログラミング関連 Read more