In Silico 創薬

タンパク質ポケット内でリガンド構造のエネルギー極小化

今回の話題はタンパク質のポケット内にあるリガンドについてエネルギー極小化する方法についてです。特にタンパク質の構造を固定する場合についてどうすればよいか紹介したいと思います。あと、タンパク質とリガンドの力場エネルギー計算…

As I have mentioned in my previous blog, in this blog I will be talking about LightGBM. However, this is not e…

中編で紹介した分子の重ね合わせの計算方法を実際にC++プログラムを組んでみます。OpenBabelの機能や応用と言うよりかは線型代数の計算がメインなので、C++で行列を扱う方法についても言及したいと思います。

前編から引き続いて分子の回転についてです。今回は分子を重ね合わせるための数式を導出したいと思います。目的関数四元数のイントロが終わってようやく本題に入ります。分子の3次元的な重ね合わせですが、動かす分子の座標ベクトル…

今回の話題は分子の回転についてプログラミングしてみます。話が長くなりそうなので、ブログを幾つかに分割して紹介します。はじめに前回は母核構造を固定してコンホメーションサーチをしてみました。色々なコンホメーションを発生さ…